Setecentos anos antes dos eventos de Ys I e II, a terra de Ys estava à beira da ruína. Demônios invadiam a região, forçando as deusas gêmeas a fugirem da superfície para o abraço protetor dos céus. Os demônios, por sua vez, mostraram-se implacáveis, construindo uma torre colossal em perseguição. O conflito na Terra começava a se intensificar nos céus, numa segunda rodada. Em meio a essa turbulência, as deusas desapareceram na noite, deixando Ys sozinha.
